Die Dokumentenlage zur frühen Geschichte der Wegelnburg ist dürftig. Urkundlich wird sie 1247 erstmals erwähnt, dürfte also Anfang des 13. Jhs. während der Regentschaft des Stauferkaisers Friedrich II. bereits als Reichsburg geplant und bis Mitte der 1230er Jahre fertig gestellt worden sein. 1282 wird über die Eroberung der Burg durch Truppen der Stadt Straßburg und des elsässischen Landvogts Otto v. Ochsenstein berichtet, die im Auftrag des deutschen Königs Rudolf I. v. Habsburg (Krönung 1272) das entfremdete ehemalige Reichsgut zurückholten. Über den Grad der Zerstörung durch diese Maßnahme gibt es unterschiedliche Angaben. Auch ist die These, dass es sich bei der Einnahme um eine “Landfriedensaktion” gegen eine Raubritterburg handele, strittig.

1330 verpfändete Kaiser Ludwig der Bayer die Wegelnburg an seine Neffen, die Pfalzgrafen Rudolf II. und Ruprecht I.. Als das Pfand nicht eingelöst wurde, ging sie in kurpfälzischen Besitz über. Mitte des 14. Jhs. gelangte die Burg an kurpfälzische Amtleute, einer von ihnen war Ritter Schwartz Reinhard von Sickingen, der die Zwingeranlage für 100 Gulden ausbauen ließ. 1410 kam es im Zuge der Erbteilung zwischen den Brüdern Ludwig III. und Stephan v. Zweibrücken zu Zwistigkeiten, die 1417 gütlich beigelegt wurden. Die Wegelnburg fiel an Stephan im Tausch gegen einige seiner elsässischen Besitztümer.

Im Jahr 1479 weilten außer dem Burgvogt nur noch wenige Bedienstete als Friedensbelegschaft auf der Burg, so z.B. ein Kaplan, die Köchin und ihre Küchenmagd, 6 Wächter sowie Tagelöhner ohne regelmäßigen Aufenthalt in der Burg. Zum Hausstand gehörten außerdem noch 2 Maultiere.

1525 kam die Wegelnburg, ohne dass über Schäden berichtet wurde, scheinbar gut durch den Bauernkrieg. 

1568 übertrug der Herzog von Pfalz-Zweibrücken Amt und Burg Wegelnburg an den Obristen Ritter Johannes von Derß als Gegenleistung für ein gewährtes Darlehen von 6000 Reichstalern. Der Oberst beutete in den Folgejahren die Wald- und Fischwoogwirtschaft und die Schönauer Eisenhütte rücksichtslos aus, vernachlässigte auch den Bauunterhalt der Wegelnburg, riss Gebäude ab und unterdrückte seine Untertanen derart, dass viele verarmten und abwanderten. 1578 setzte Herzog Johann I.  von Pfalz-Zweibrücken dem “eines Lehensmannes nicht würdigen Treiben” ein Ende und nahm die Wegelnburg im Handstreich ein. Johannes von Derß wurde vertrieben. In den 10 Jahren unter Derß muss die Burg stark gelitten haben. Eine 1579 erhaltene Rechnung schlüsselt die Kosten für umfangreiche Wiederherstellungsmaßnahmen auf, insbesondere für die Renovierung zerfallender Gebäude, der Ringmauern, den Bau eines Wachhauses und zweier neuer Türme.

Im Dreißigjährigen Krieg wurde die auf der Burg untergebrachte Garnison aufgestockt. 1635 überfielen Kaiserliche die Burg und vertrieben die französische Besatzung. Offenbar wurden durch Brand erhebliche Schäden verursacht, die in der Folge nur notdürftig instand gesetzt wurden.

1677 wurde die Burg in Quellen als “mehrentheils verfallen” beschrieben. 1680 wurde die Wegelnburg während der Reunionskriege des “Sonnenkönigs” Ludwig XIV. durch Soldaten des französischen Generals Montclar geschleift und durch Sprengung nachhaltig zerstört. Ein Wiederaufbau unterblieb.

1860 wurde die “Gesellschaft für Verschönerung der Wegelnburg” gegründet und leitete erste Aufräumarbeiten ein. 1876 wurden erstmals staatliche Mittel für Sicherungsmaßnahmen bereitgestellt.  1894 wurde der Schönauer Wegelnburgverein gegründet. Doch erst ab 1977 wurden umfassendere Sicherungs- und Sanierungsmaßnahmen in Angriff genommen, die allerdings das Erscheinungsbild der Anlage, nicht immer dem historischen Vorbild folgend, “verunklärt” haben. Der Historiker Thon drückt es deutlicher aus: “Die verfälschende Aufmauerung lässt den historischen Baubestand kaum noch nachvollziehen.” Jüngste Sanierungsmaßnahmen erfolgten zwischen 2019 und 2023.